如何证明两家公司不属于直接控股、管理关系的供应商？

答：可以到两家公司的登记机关查询其登记备案的公司章程，也可以登录“企业信息公示系统”网站查询公开信息。

法律依据

《财政部关于促进政府采购公平竞争优化营商环境的通知》（财库〔2019〕38号）规定，对于采购人、采购代理机构可以通过互联网或者相关信息系统查询的信息，不得要求供应商提供。除必要的原件核对外，对于供应商能够在线提供的材料，不得要求供应商同时提供纸质材料。对于供应商依照规定提交各类声明函、承诺函的，不得要求其再提供有关部门出具的相关证明文件。